Seit vielen Jahrhunderten hat jedoch das Wirken des Menschen wie z. B. Landnutzungsänderungen (Rodung von Wäldern zur landwirtschaftlichen Nutzung, Siedlungsbau, etc.) Menge und Qualität von Grundwasserneubildung flächendeckend beeinflusst. Da wir die völlig unbeeinflusste Grundwasserqualität nicht kennen, muss die Definition einer geogenen Grundwasserbeschaffenheit also eine allgegenwärtige, ubiquitäre, Überprägung durch menschliche Aktivität tolerieren. Das Ziel ist jedoch eine klare Abgrenzung gegenüber Grundwässern, die durch lokalisierte Stoffeinträge schädlich verändert sind.
Für unterschiedliche Gesteine stellen sich, abhängig von ihren geochemischen Eigenschaften, charakteristische Konzentrationsmuster der im Wasser gelösten Stoffe ein. Die geogenen Grundwasserbeschaffenheiten müssen also für die auftretenden hydrogeologischen Einheiten separat definiert werden (s. Abbildung rechts).